O filme começa explicando sobre uma empresa denominada Umbrella Corporation, que conduzia experiências genéticas ilegais em seu laboratório subterrâneo embaixo de Raccoon City. Este laboratório se chama "A Colméia" . Esta Colméia ( The Hive ) é situada á vários quilômetros embaixo da terra. Houve uma sabotagem na Colméia, uma contaminação com o T-Vírus que ativou os mecanismos de defesa do local, a Rainha Vermelha, que fez trancar todos lá dentro e os matassem, já que todas as portas foram lacradas para que a infecção não chegasse á superfície e atingisse á população.
A jovem Alice acorda em uma mansão, também localizada em Raccoon City, e encontra Matt por acaso, e logo chega uma equipe de segurança da própria Umbrella, e os obriga á entrarem na Colméia junto com eles. A missão de Alice e Rain, uma jovem corajosa e inteligente que faz parte da equipe de segurança, á disseminar a infecção do vírus e desativar o mecanismo de defesa da Rainha Vermelha. Enquanto estavam no local, eles acabam descobrindo que houve experiências com animais, os cérberos, cachorros transformados pelo T-Vírus, e que fez sua pele ficar em carne viva e extremamente sedentos por carne humana. Parte da Equipe no esforço de desativar o mecanismo de defesa, acabaram mortos por um laser ativado pela Rainha, e quando a equipe e Alice conseguiram desativar, e consequentemente todas as portas antes fechadas se abriram, e antes os funcionários da Umbrella que haviam sido mortos, se transformaram em zumbis devido a infecção do T-Vírus, e estes se espalharam pelo laboratório, atacando Alice e a equipe, e Rain acabou sendo infectada. No laboratório, é encontrado um suposto ex esposo de Alice, Spence, e Alice também confessa á Matt e aos outros que já trabalhou na Umbrella Corporation, e sabia da existência do G-Vírus, que neutralizava o T-Vírus antes de uma pessoa virar zumbi. Quando eles chegaram á sala que Alice disse que havia a cura, Spence, que também foi infectado, confessou que foi ele que infectou o laboratório subterrâneo, e então acaba fugindo, mas ele nem se deu conta de que um Licker estava á poucos metros dele, e então este acaba o devorando vivo. E então, Alice, Matt, e Rain recuperam a maleta do G-Vírus, e aplicam em Rain, mas ela acaba virando zumbi, e Alice e Matt são obrigados á matá-la. Para piorar, Matt é arranhado pelo Licker, mas Alice e Matt conseguem vencê-lo, e voltarem para a Mansão. Quando eles chegaram, uma equipe de médicos da Umbrella acabam separando Matt de Alice, e esta, tentando se soltar dos braços dos outros médicos, apenas escuta eles falarem sobre uma espécie de "Projeto Nêmesis". Alice, fraca e debilitada, é levada para uma sala onde fazem várias experiências com ela, mas ela acaba acordando muito tempo depois e foge, e saindo pela porta do hospital, vê Racoon City completamente destruída e deserta.
